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Qualcuno sa se è possibile disabilitare il touchpad del portatile quando si aggancia un mouse esterno? Alcuni notebooks hanno un tasto che permette di farlo, ma per quelli che non lo hanno non sarebbe possibile dire al sistema operativo di utilizzare solo uno e non l'altro?

uno o l'altro non so.
tutte e due si, basta che l'altro lo metti secondario.

Credo che l'unico modo sia di utilizzare
/dev/mouse come link di /dev/psaux

E in udev.rules forzare la creazione di
/dev/mouse come link a /dev/input/mice

quindi se in xorg.config utilizzi come device di puntamento /dev/mouse lui dovrebbe utilizzarne solo uno.

Come farlo però non so.

No no, non a /dev/input/mice!
Mice è il plurale di mouse, in quel caso li usi tutti

L'idea di usare udev è giusta, devi far linkare però /dev/mouse al dispositivo creato (sarà /dev/input/mouseX).

Ovviamente /dev/mouse deve essere impostato su xorg.conf come dispositivo per il mouse.