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Freevo, così come altri programmi e librerie in python si installano con python setup.py install.
Ma come fo per rimuoverli? C'è un qualche modo semplice che non conosco o devo fare a mano cercando le tracce di questi programmi sparse per il fs ?

ho visto solo adesso che è possibile passare l'argomento --prefix al setup.py. Alla fine ho risolto con uno script che cancella da /usr quello che ho installato dando come prefix una tmpdir.
Penso sia la soluzione migliore, o almeno quella che funziona