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Se io patcho un qualsiasi software (squashfs, kernel, lzma,...), la patch mi va a modificare alcuni file. Se io mi rendo conto di avere fatto una gigantesca cavolata...come faccio a rimuovere la patch e riavere il mio software com'era prima della patch?

Puoi provare a riapplicare la patch usando patch con il flag -R.
Vedi man patch.
Ancora più sicuro è tenere una copia originale non patchata, comunque almeno con il kernel non ho mai avuto problemi a usare -R.

Funziona!!
Grazie