io ho fatto qualche prova con vari cms installati in locale, c'è da dire che se ti serve avere un wiki non c'entra molto il cms che userai per il resto del sito, tutt'al più (si scrive così?? ) metterai un link che punta al wiki nelle varie pagine del sito...
joomla è davvero ben fatto, ma è molto molto molto capace, quindi se non hai grosse necessità non te lo consiglio...
wordpress è nato ed è mirato all'utente che vuol mettere su un blog (anche se molti lo usano come cms per siti web normali)...
mediawiki è il cms per i wiki... lo adoro, è fantastico e ci puoi fare davvero grandi cose...
xoops è il cms che ti consiglio per il tuo sito (wiki a parte), è molto potente (simile a joomla), ma non ti troverai disorientato dalla miriade di possibilità che hai con joomla, anzi... forse potresti trovarti male dal momento che di default non c'è praticamente nulla...

diciamo che è la slackware dei cms (mysql based)...
se poi vuoi qualcosa che non lavori con un db c'è flatnuke ma non l'ho mai provato, quindi non so dirti nulla a riguardo... so solo che esiste...
per quanto riguarda l'installazione di tutti questi cms (e anche di svariati altri) si tratta di decomprimere l'archivio che li contiene nella directory del server che gli hai destinato e aggiustare i permessi, al più potresti dover copiare il file .php delle configurazioni o rinominarlo, poi lanciare la index da un browser e il setup sarà molto in stile w$... avanti, avanti, avanti, fine...
Io fossi in te mi affiderei a xoops (che ha una bella community italiana con moduli tradotti e quant'altro) per il sito web vero e proprio, e a mediawiki per il wiki...
Se dovessi aver bisogno (ma ne dubito) posta pure...