Sulle partizioni ognuno ha il suo metodo. Come ti hanno detto ormai /boot non serve, anche se io la tengo perché ormai ci sono affezionato

In realtà perché non ho più formattato dai tempi dei tempi, ho anche /opt molto grande perché prima c'era KDE e tutti i programmi dello stesso. Adesso ci tengo i programmi che "vanno da soli", firefox, skype, googleearth, etc...
Nel fisso ho anche /usr/local che mi serve perché se formatto ho i programmi ricompilati.
In pratica io ho
/boot/
/
swap
/opt
/usr/local
/home
Ma come ti ho detto sono o retaggi del passato o esigenze personali.
/etc non serve in una partizione ad hoc, fai un backup ogni tanto (tanto è piccola) e sei a posto.
/var la devi mettere in una partizione separata in un server, in modo che un attacco DOS per esempio, che ti riempie i log, non metta fuori uso la macchina, ma qui il discorso cambia.
Insomma, il partizionamento dipende dalle tue esigenze e dai tuoi gusti.
su criptare, e qui mi rivolgo a Mario in particolare, io la pensavo come te, fino a poco tempo fa.
Poi ho comprato un notebook. Se lo perdo o me lo rubano?
Per adesso non ci ho messo molto, ma presto vorrei poterlo usarlo veramente come pc, nel senso di installarmi il mio programma di posta, i miei strumenti per accedere a siti (ssh e ftp), siti di sviluppo (e quindi con password dentro), etc...
che faccio? non inserisco nessuna password e me le scrivo da qualche parte? Magari con xpass o altri?
In memoria non mi ci stanno

Criptare una partizione ti evita questi problemi.
A dire il vero io l'ho fatto per esperimento, ma in questi casi secondo me serve.
E poi le prestazioni mi sembrano non risentirne molto... oddio, un poco a dire il vero sì. Il sistema è meno reattivo in alcuni casi. Soprattutto FF consuma spesso troppa memoria. Ma devo indagare se è colpa della criptazione o di qualche estensione che ho installato. Però dopo aver criptato non ho installato niente....
I più paranoici criptano anche /tmp e SWAP, se non l'intero HD.
Ma questo sinceramente a me non serve.
Su come criptare HOME, SWAP o intero sistema trovi le info nel file README_CRYPT.TXT dentro il DVD della Slackware.