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Su suggerimento di michele.p, dopo qualche ricerca e qualche prova, ho risolto aggiungendo "acpi=off" a LILO.
In altri forum qualcuno suggeriva di passare "noapic" e/o "irqpoll" al boot ma, ahimè, non hanno funzionato.
Con "acpi=off" il tempo di boot si è allungato un po', gli errori rimangono, il masterizzatore è resuscitato (adesso il cassettino apre e chiude) ma... non monta i dischi in automatico.
Riesumo questo post solo per farvi sapere che dopo aver installato il nuovo kernel 2.6.25.6 (e, già che c'ero, averlo debitamente sfoltito di tutto il superfluo ) il masterizzatore è tornato in vita e gli errori al boot sono spariti.
Non l'ho ancora usato per masterizzare, ma immagino che non dovrebbero esserci problemi.
Quindi chi dovesse incappare in una situazione simile durante l'installazione della 12.1 con kernel di default può fare un tentativo in questo senso.