entrambe le soluzioni proposte sono accettabili ma hanno pro e contro:
1) usi una chiave usb come $HOME
pro: sempre con te, non serve connessione interdet per sincronizzare, puoi crittare il mount point e usare feature carine del kernel tipo impedire l'avvio se non è presente un certo dispositivo usb
contro: FAI I BACKUP

se ti muore la chiave (che, come tutti sanno, ha un numero di letture e scritture enorme ma limitato) perdi la $HOME
2) sincronizzi la tua $HOME via cvs, svn opppure rsync
pro: se crei un login nuovo su una nuova macchina dove magari non hai tutti i permessi non devi preoccuparti di montare nulla, scarichi il tuo "mirror" e sei a posto, quando fai un cambiamento basta propagarlo al repo centrale e verrà sincronizzato in futuro sulle altre machine (puoi usare script di login e logout), hai sempre un beckup della tua $HOME, a meno di morte del server centrale
contro: hai bisogno della connessione a internet, hai bisogno di una machcina always on che si smazzi il compito di essere un server cvs/svn/rsync.
Rimane solamente un problema: entrambe le macchine devono usare la stessa distro, altrimenti rischi di avere delle incompatibilità tra preferenze e versioni dei programmi installati oppure cose più banali quali il nome delle directory (esempio: le preferenze di firefox si possono trovare a volte in .firefox a volte in .mozilla-firefox)... ma direi che se hai scritto qua, una buona possibilità che siano entrambe slackware esiste
